Eine weitere Möglichkeit für Reisende, nach Heraklion zu gelangen, sind Fähren und Kreuzfahrtschiffe. Fähren verbinden Kreta täglich mit dem griechischen Festland oder benachbarten Inseln. Ebenso legen besonders während der Sommermonate Kreuzfahrtschiffe am Hafen der Stadt an, der zu den bedeutendsten in ganz Griechenland zählt. Im neuen Passagierterminal am Quai II befinden sich die Schalter mehrerer Autovermietungen, bei denen Sie den passenden Mietwagen abholen können. Bitte beachten Sie, dass Sie Fährfahrten mit dem Mietwagen vorab mit Ihrem Vermieter absprechen müssen, da hierfür besondere Mietbedingungen gelten können.
Entlang der Nordküste Kretas führt die Schnellstraße 90 bzw. Nationalstraße E75 auch durch Heraklion nach Chania und im weiteren Verlauf nach Agios Nikolaos. Sie ist im Stadtgebiet aufgrund des höheren Verkehrsaufkommens mehrspurig ausgebaut. Auf der Schnellstraße 97 gelangen Autofahrer von Heraklion nach Süden und können auf der gleichen Straße entweder nach Osten oder Westen weiterfahren. Kleinere Nebenstraßen führen außerdem zu Sehenswürdigkeiten wie Knossos sowie ins Landesinnere. Wer die Insel abseits der Hauptstraßen erkunden möchte, sollte sich auf kurvenreiche Bergstraßen einstellen, die oft spektakuläre Ausblicke bieten und zu versteckten Dörfern, traditionellen Tavernen und abgelegenen Stränden führen.
Zu den bekanntesten Sehenswürdigkeiten in der Umgebung von Heraklion und ganz Kretas gehört der Palast von Knossos. Mit dem Mietwagen ist er schnell erreicht, denn er liegt nur fünf Kilometer südlich der Stadt. Zwar sind heute nur noch Ruinen des einstigen imposanten Bauwerkes übrig, doch dies hat der Faszination dieses mystischen Ortes nicht geschadet. Die Legende besagt, dass sich unter dem Palast ein riesiges Labyrinth befand, in dem der Minotaurus gelebt haben soll. Archäologische Funde und rekonstruierte Wandmalereien geben spannende Einblicke in die minoische Kultur, die als eine der ältesten Hochkulturen Europas gilt und das antike Kreta prägte.
Naturliebhaber fahren knapp eine Autostunde mit dem Mietwagen Richtung Südosten zur Lasithi-Hochebene. Auf bis zu 830 Meter Höhe führen die gewundenen Straßen und bieten wunderschöne Ausblicke auf die Landschaft Kretas und das Mittelmeer. Unterwegs kreuzen kleine Dörfer den Weg, die gerade in der Mittagszeit mit köstlichen Gerichten in ihre Tavernen locken. Hier und da prägen noch Windmühlen das Bild, die heute nicht mehr in Betrieb sind, früher aber der Landwirtschaft dienlich waren. Ein besonders beeindruckender Aussichtspunkt ist die Kera-Kardiotissa-Klosterkirche, die auf dem Weg zur Hochebene liegt und einen Panoramablick über das Tal sowie einen Einblick in die religiöse Geschichte Kretas bietet.
Einen Besuch wert ist auch die Höhle von Psychro, auch Zeus-Höhle genannt, der hier geboren sein soll. Von Heraklion aus sollten Ausflügler zunächst der E75 Richtung Osten folgen. Ab Limenas Chersonisou führt die weitere Anfahrt zur Hochebene zum Teil über sehr enge und gewundene Gebirgsstraßen, weshalb Autofahrer hier besonders vorsichtig unterwegs sein sollten. An der Höhle befindet sich ein kleiner Parkplatz, auf dem Reisende den Mietwagen abstellen können. Von dort führt ein gut ausgeschilderter Wanderweg in etwa 15 bis 20 Minuten bergauf zum Höhleneingang, von wo aus Besucher in die mystische Tropfsteinhöhle hinabsteigen und die beeindruckenden Stalagmiten und Stalaktiten bestaunen können.